Adriano, boa tarde!
Tive esse mesmo problema no último cliente, justamente em transferências entre centros.
Trabalhavam com quantidades semelhantes de lotes e, segundo a SAP, o cálculo do imposto é feito a cada lote e devido ao arredondamento (por lote) e na somatória deles, ocorre a diferença maior que 0,01, consequentemente rejeição pelo SEFAZ.
Abrimos chamado e depois de algumas semanas foi disponibilizado a nota:
2093503 - Rounding errors on Batch Split for TAXBRA resulting in error 528 by SEFAZ
Aplicamos e tudo se resolveu.
Abraço!
Leandro de Carvalho